元气藏之于肾而化生元精，系于命门而为肾间动气，其变化为用，一分为二而为元阴、元阳，实为性命之本、造化之机。元气虽藏之于下，而其用则布护周身，脏腑之机能全赖此气之运转，故徐灵胎说："五脏有五脏之真精，此元气之分体者也。而其根本所在，即道经所谓丹田，《难经》所谓命门，《内经》所谓七节之劳有小心。

　　阴阳阖辟存乎此，呼吸出入系乎此，无火而能令百体皆温，无水而能令五脏皆润，此中一线未绝，则生气一线末亡，皆赖此也"(《医学源流论》）。元气之所行，与任督二脉关系至密。元气根之于肾而行于任督，故李时珍说:任督二脉，人身之子午也，此元气之所由生，真息之所由起"(《奇经八脉考》）。

　　元气虽化生于先天父母之精，但必须有赖于后天水谷精气的充养，所以与脾胃又密切相关，故李东垣说："脾胃之气无所伤，而后能滋养元气";"脾胃之气既伤，而元气亦不能充，而诸病之所由生也"(《脾胃论》）："脾胃既损，是真气元气败坏，促人之寿"(《内外伤辨惑论》）。

　　气功学中所言元气，多指先天之"炁"。此"炁"形成于受胎之先，先天细细蕴蕴，生于无形，又谓"原始祖炁"，是推动胎儿内呼吸(潜气内转）的循环动力；在人出生后，即"炁落丹田"，成为启动脏腑经络功能活动的原动力，并司理后天呼吸之气、水谷之气、营卫之气、脏腑之气、经脉之气等。

　　气功学中所指先天之"杰"是潜藏的内气，而后天之"气"则着重指形于呼吸之气(外呼吸)，故《入药镜》注："藏则为惹，形则为气"。在人体，先天之"炁"与后天之"气"密不可分。出生后"炁落丹田"，为"呼吸之根"，人在进行呼吸活动时，"先天元始祖炁未尝不充溢其中。非后天之气，无以见先天一炁之流行;非先天之炁，无以为后天一气之主宰"(《入药镜》注)。内丹水中要求气贯丹田，即以后天之"气"接引先天之"炁"，发动任、督循环，以达到所谓"再立胎息"的效果。

　　《入药镜》听说："先天惹，后天气，得之者，常如醉。"即指气功状态中二气混合，呼吸绵绵，任督循环，身心酣畅的自我体验。古代先贤通过几千年的实践证明，气功锻炼可以充实元气、调理气机，以达治病强身之目的，正如《素问·上古天真论》所说："恬恢虚无，真气从之，精神内守，病安从来。"养生家们并以"元气论"为理论基础，在实践中逐渐总结出一整套行气、养气的方法和本式，以培补元气、调畅气机，有力地推动了气功学的发展。